El Organigrama de Coptesidex tiene esta estructura, recogida en el capítulo II de los Estatutos:

• La Junta de Gobierno tiene carácter colegiado y estará integrada por el Decano, Vicedecano, Secretario General o Secretarios Generales si los hubiere, Secretario y Tesorero y dos vocales como mínimo y doce como máximo.
• La Junta de Gobierno designará una Comisión Permanente formada por Decano, Vicedecano, Secretario General o Secretarios Generales si los hubiere, Secretario y Tesorero. A esta Comisión podrán incorporarse temporalmente vocales o colegiados expertos para la realización de actividades especiales y hasta el cese de éstas.

La Junta de Gobierno planea la constitución de Comisiones, o grupos de trabajo, nombrando asesores o coordinadores de Comisión para el ejercicio de las funciones de representación, asesoramiento, enlace y coordinación por los objetivos de las distintas Comisiones de trabajo. La Junta de Gobierno decidirá si los asesores o coordinadores participan en las reuniones de la Junta de Gobierno o de la Comisión Permanente, y si éste es para la totalidad de asuntos a tratar o sólo los que afecten a su equipo de trabajo.